民間非営利部門の活動の健全な発展を促進し、従来の公益法人制度に見られる様々な問題に対応するため、従来の主務官庁による公益法人の設立許可制度を改め、一般社団法人・一般財団法人を登記のみで設立できる制度が創設されるとともに、そのうちの公益目的事業を行うことを主たる目的とする法人については、民間有識者による委員会の意見に基づき公益法人に認定する制度が創設され、平成20年12月1日から施行されています。
新たな公益法人制度における一般社団法人・一般財団法人に対する法人税の取扱いの概要は以下のとおりです。

1 公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（以下「公益法人認定法」といいます。）に基づく公益認定を受けた公益社団法人・公益財団法人公益法人等として取り扱われ、法人税法上の収益事業から生じた所得が課税対象となります。
なお、公益目的事業は収益事業から除かれているため、公益目的事業から生じた所得は課税対象になりません。

2 公益法人認定法に基づく公益認定を受けていない一般社団法人・一般財団法人
① 法人税法上の非営利型法人の要件を満たすもの（以下「非営利型法人」といいます。）
公益法人等として取り扱われ、収益事業から生じた所得が課税対象となります。
② ①以外のもの（以下「非営利型法人以外の法人」といいます。）
普通法人として取り扱われ、全ての所得が課税対象となります。

当機構は①に該当する為所得税法の範囲で寄附金控除を受けることが可能となります。